Точкой отсчёта истории Нового театра кукол стал май 1993 года. Новый коллектив творческого объединения «Премьера» возглавил заслуженный деятель искусств России Анатолий Тучков. В собственное помещение театр вошёл в октябре 1994-го. Его домом стал малый зал бывшего кинотеатра «Октябрь» по улице Ставропольской, 130.

В разные годы с театром работали режиссёры Сергей Столяров и Ирина Лебедева, Марек Ходачинский и Вадим Смирнов; художники Татьяна Юнькова, Владимир Осколков, лауреат государственной премии заслуженный деятель искусств России Елена Луценко, Марина Зорина и другие выдающиеся деятели театра кукол.

Новый театр кукол – участник многих театральных фестивалей: «Посиделки» (Воронеж), «Белгородские забавы» (Белгород), «Артвизит» (Краснодар), «Серебряный осётр» (Волгоград), «Рязанские смотрины» (Рязань), фестиваля детский театров «Я–мал, привет» (Новый Уренгой).

В ноябре 2014 г. в Новом театре кукол появился новый директор - Алексей Владимирович Кунченко, который с апреля 2016 года в своих руках сосредоточил основные полномочия по руководству театром. Главный художник театра – Юлия Тучкова.